module load blast/2.11.0+
cd domainPDB
../bin/import.pl
--pdbfile ../toy_PDB/pdb1ppt.ent
--pdbid 1ppt
--dat ./
> import.stdout 2> import.stderr
cd root/OMGstudy/
tree
.
├── query.fasta
├── OMGDB_blast
├── OMGDB_fasta
└── OMGDB.fasta
makeblastdb -in ./OMGDB_fasta/OMGDB.fasta -input_type fasta -dbtype prot -out ./OMGDB_blast/OMGDB.blast
tree
.
├── query.fasta
├── OMGDB_blast
│ ├── OMGDB.blast.00.phr
│ ├── OMGDB.blast.00.pin
│ ├── OMGDB.blast.00.psq
│ ├── OMGDB.blast.01.phr
│ ├── OMGDB.blast.01.pin
... ...
│ ├── OMGDB.blast.30.psq
│ ├── OMGDB.blast.31.phr
│ ├── OMGDB.blast.31.pin
... ...
│ ├── OMGDB.blast.43.phr
│ ├── OMGDB.blast.43.pin
│ ├── OMGDB.blast.43.psq
│ ├── OMGDB.blast.pal
│ ├── OMGDB.blast.pdb
│ ├── OMGDB.blast.pot
│ ├── OMGDB.blast.ptf
│ └── OMGDB.blast.pto
├── OMGDB_fasta
└── OMGDB.fasta
blastp -query query.fasta -db /root/OMGstudy/OMGDB_blast/OMGDB.blast > query_blastp_omgdb.out
tree
.
├── query_blastp_omgdb.out
├── query.fasta
├── OMGDB_blast
│ ├── OMGDB.blast.00.phr
│ ├── OMGDB.blast.00.pin
│ ├── OMGDB.blast.00.psq
│ ├── OMGDB.blast.01.phr
│ ├── OMGDB.blast.01.pin
... ...
│ ├── OMGDB.blast.30.psq
│ ├── OMGDB.blast.31.phr
│ ├── OMGDB.blast.31.pin
... ...
│ ├── OMGDB.blast.43.phr
│ ├── OMGDB.blast.43.pin
│ ├── OMGDB.blast.43.psq
│ ├── OMGDB.blast.pal
│ ├── OMGDB.blast.pdb
│ ├── OMGDB.blast.pot
│ ├── OMGDB.blast.ptf
│ └── OMGDB.blast.pto
├── OMGDB_fasta
└── OMGDB.fasta